No somos adivinos, si quieres que te ayudemos deberías proporcionar más información: versión del Redmi Note 3 Pro que tienes tú (Special Edition/Kate o Kenzo), versión de ROM exacta que llevas instalada ahora mismo, si has probado o no realizar un restablecimiento de fábrica, si tienes o no insertada alguna MicroSD, cuántas SIM llevas insertadas y cualquier otro dato que pudiera ser relevante...
Saludos
P.D.: A mí me tarda apenas un minuto en arrancar.