La cámara del 3S me parece mejor, al menos en fotografía. También me gustan más los teléfonos en plástico. Y además el 3S tiene una pantalla con mejores colores, lo cual me parece más importante que la resolución.
El 4 Prime mejora en duración de batería, posiblemente mejor WiFi, mejor GPS y por supuesto es bastante más rápido gracias al Snapdragon 625.
En definitiva, unos pasos hacia delante pero otros hacia atrás. Personalmente me quedo con el 4 Prime, porque me importan más la batería y el SoC que la cámara.