A mi pasa con las notificaciones de aplicaciones que también utilizo en otros dispositivos (telegram, gmail, facebook o whatsapp). Si por ejemplo me llega una notificación de telegram, pero en ese momento lo estoy utilizando en el PC, la notificación en el teléfono desaparece, pero no así el parpadeo del LED, pero tal y como dice jadancito, con sólo bajar la barra de notificaciones y volver a subirla desaparece.
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