Yo también he restaurado apks y datos, en mi caso desde el mybackup root, cada vez que he actualizado una ROM. Sin embargo me queda la duda de si esto puede afectar negativamente a la ROM o no. Mi intuición me dice que mientras no lo haga con aplicaciones básicas del sistema o que vengan preinstaladas no debería haber problema, pero prefiero ver si alguien me lo puede confirmar al 100%.
Aún así, gracias por la respuesta ;).