Lo que tines que hacer es copiar los libros a la carpeta "Import" que se encuentra dentro de la carpeta "ebooks". Una vez que desconectes el movil del ordenador, abres el Aldiko y en la pantalla principal le das al botón "Menú", y te saldrá la opción de "Importar". Le das a "Importar" y Aldiko te reconocerá automáticamente los libros de la carpeta "Import" y te los moverá a la carpeta "ebooks", mostrandose así en la biblioteca.
Espero que te sirva.