Pues si, tiene ese problema, únicamente salir del modo pantalla dividida, elegir desde aplicaciones recientes la que quieres que quede arriba como principal, y elegir la otra abajo
No se como va Nougat porque es la primera vez que la uso
También a la hora de elegir el tamaño de cada ventana dividida siempre se ajusta a un tamaño determinado, creo haber visto en lg que se puede mover la barra dividida donde queramos, en esta rom sólo veo sólo tres posiciones