Hola compañero, yo la verdad es que no tuve problemas al pasar de JS8 a JVQ y recuperar las aplicaciones con el titanium 3.8.9.2. Lo que si tuve problemas hace poco fue al cambiar el busybox y por lo que no me funcionaba el titanium. ME explico, instale el busybox 1.19 y me dejo de funcionar bien el telefono y el titanium, asi que me volvi al busy 1.18.4 y todo correcto y bien.
Lo mismo es de hay compañero, de la versión de busybox