Realiza una copia de seguridad de todo lo que quieras salvar. Luego sigue este tutorial:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=1222066
Instala la ROM Estable que se comenta en el tutorial.
Para tener cajón de aplicaciones sin necesidad de lanzador alternativo es necesario tener una ROM modificada y no te lo aconsejo en tu caso.
Un buen lanzador alternativo es Nova Launcher. Para el problema de las apps clonadas abre otro hilo, no creo que tengas muchos problemas en que funcionen; ya te comentarán qué hacer.