Si estas con Miui oficial sin cambiar nada o cualquier android base, da igual lo que borres de tu microsd, no interfiere en el sistema del telefono, ya que solo lo hace con la interna, te cargaras otro tipo de cosas pero no el sistema. Android siempre crea carpetas dentro de la memoria sd para que se alojen archivos irrelevantes para su sistema, para las fotos, copias de seguridad, archivos logs, etc. Aunque las borres, tan pronto reinicies o utilices la aplicacion vinculada, tendras esas carpetas de nuevo.
