Eso pasa por que el número esta enlazado ya sea con la cuenta de Gmail o WhatsApp, si te fijas en la lista de contactos sale un símbolo como una cadena, si le pones editar a ese contacto la primera opción dice contactos enlazados, si haces clic ahí te mostrará las cuentas donde esta ese número.
Ese "problema" me pasó en alguna beta de nougat.
Yo lo que hago es respaldar los contactos en un archivo vcf y los copio al teléfono solamente, después elijo mostrar números solo del teléfono
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