Bienvenido al club.
A mi me pasa igual, cuando le viene en gana el teléfono se me reinicia y me lo encuentro bien reiniciando o que se ha reiniciado y pidiendo el pin de la SIM.
Estoy con CM 13.0 con el último SNAPSHOT y salvo por el Root me arrepiento de pasarme a CM 13.0 lo mas seguro que termine volviendo a Stock 5.1 Optimizado porque entre los reinicios y que va lageado a muerte casi siempre (abres Whatspp, Telegram o cualquier aplicación y se tira mucho tiempo para abrirse y por ejemplo quieres escribir algo y tarda bastante en salir el teclado, empiezas a escribir y no sale nada y de golpe escribe todo lo que pusiste...).
En mi caso me pasa desde que empecé a usar CM 13.0