Que bien que te haya funcionado, tutinator.
creo que si, porque cada vez que usas la app, esta entra a las carpetas del teléfono, por lo tanto si desactivas el root, no podría funcionar.
Tu idea de activar y desactivar el root también puede funcionar, por mi parte, nunca lo he hecho, siempre la dejo así, no me consume batería, es más, hasta creo que loa batería me dura más
Saludos