1 Con un movil rooteado, se usa wipe. Por supuesto que se pierde todas las instalaciones y configuraciones, por eso es 'de fabrica', pero no perderas root. Cuidado que en un movil rooteado, se borra hasta la Rom, y tendras que flahsear otra de nuevo.
2 El apk, es como un .exe en windows, se guarda en la memoria de almacenamiento del movil, accesible solo si eres root, en system/app y data/app
Las consultas sobre root y Roms cocinadas, van en el subforo Roms, que es donde estan las chinchetas, manuales, tutoriales y por supuesto, las Roms cocinadas disponibles.
Si eres root, y tienes dudas sobre esto, por favor plantealas en los hilos abiertos del subforo Roms.
Este es solo para terminales no rooteados, o sea con la Rom original del movil.