Se instala como cualquier otra apli. Simplemente hay que tener activado lo de orígenes desconocidos, nada más.
Ya lo que se refiere a parchear otras aplis, eso depende de cada una y todas no se pueden. Lo mismo con la publi, hay que ir probando. Normalmente para quitar publi basta con desactivar las que no lleven en su línea algo de que es para la "aplicación".
Lo que se te ha instalado es CM14.1. Lo recomendable es instalar CM14.1 desde cero ya que al actualizar desde CM13, da esos fallos y más que no podrás solucionar 100%.
