Ya se cual ha sido tu error. Fijándome bien el orden que has descrito he visto esto:
¿Dónde está el error? Pues según pienso, primero pusiste el CF-Root y hasta ahí genial, porque es un kernel que te hace root nada más, y con eso es suficiente para poder utilizar el Tweak Manager.
Pero el problema viene porque después instalaste otra JVP, esta vez deodex, que seguramente te quitó el kernel CF-Root, dejándote uno normal (el stock), que no tiene root ni nada por el estilo. Con lo cual, al ir a ejecutar el Tweak Manager ya no tenías root.
Lo que tienes que hacer, según estás ahora mismo, es poner un kernel, el que quieras. Voodoo, SpeedMod, CF-Root de nuevo. Te lo descargas, lo pones en la casilla PDA de Odin sin marcar repartition, y flasheas el kernel. No te hace falta reflashear la rom entera.
Los kernels que no son stock, como por ejemplo Voodoo, SpeedMod, Dark Core (por cirtarte algunos) tienen todos root, superuser, CWM, y alguna cosita más.
El CF-Root es un kernel modificado, pero es muy similar al stock, la única modificación que tiene es que te hace root, nada más.
En conclusión, prueba a ponerle ahora un kernel, el que queiras, y creo que se solucione tu problema

