Has probado a poner user desktop en el Dolphin? Yo lo tengo así y no he tenido ningún problema.
En cuanto a verlos con la app de youtube, yo cuando pulso un vídeo me da a elegir con que programa lo quiero abrir (no sé si por tenerlo en desktop).
En cuanto a SwiftKey, lo tienes en español verdad?
Yo tengo Dolphin y Swiftkey también y no tengo ningún problema de los que comentas, todo es cuestión de trastear
Edito: ah, y las carpetas de los marcadores vienen en orden alfabético, que yo sepa no se puede cambiar, sólo el orden de los marcadores dentro de las carpetas.