la única manera que conozco es volver a flashear una rom original de sony
así se instalará tanto la rom como su recovery stock
en su momento lo hice con el flashtool
desconozco si se puede extraer el recovery de una rom stock para flahsearlo de manera independiente, imagino que sí, pero nunca lo he hecho
PD: con el flashtool usando la opción de xperifirm puedes descargar la última rom que salió para el xperia e3, vamos que no te llegarán más actualizaciones via OTA básicamente porque ya no están sacando más