Ve a ajustes > batería, allí busca un menú donde pone "optimización", "aplicaciones optimizadas" o algo así. Tienes que quitar Whatsapp de la lista de aplicaciones optimizadas porque si no, Android 6 tiene una cosa que se llama "doze" y que se dedica a matar aplicaciones cuando no usas el móvil para ahorrar batería. Obviamente no queremos que se pare Whatsapp aunque se ahorre un poco menos de batería.