En principio el app2sd que yo he usado (siempre busqué rom's que lo tuvieran integrado) lo que hace es crear un enlace simbolico de linux desde la carpeta donde se guardan las aplicaciones de usuario (creo recordar que son /data/app y /data/app-private) a una partición en formato linux (ext2 o ext3) creada en la tarjeta microSD. De esta forma todas las aplicaciones van a la microSD y creen que estan en la memoria interna. Usando este metodo no importa que sean o no compatible con moverlas a la SD.