A mí tampoco me saltaba y la he metido manualmente usando el script de este enlace:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=909277
En principio no hace falta ser root o tener el bootloader desbloqueado (aunque yo si lo tengo). Después de flashear la stock de 6.0.1 le teneis que volver a meter el recovery para ser root.