Imagino que eres root no?
Yo tengo el root explorer y pulso el boton de arriba para poner el sistema en R/W y puedo hacer lo que quiera. Para mas informacion, tenga la Rom Picaso y root.
Sobre lo de modificar el zip... va a ser que no. No tengo mucha experiencia en el tema, pero creo que los zips llevan algun tipo de checksum que se valida en tiempo de instalación. Además llevan asociado un script de instalación con todos los pasos que se han de realizar en el momento de la instalación del paquete, así que si quitas algo a la brava, lo mas seguro es que de fallo de instalación. Pero ya te digo, no tengo mucha experiencia en el tema!
Por aquí hay mas información sobre el tema -->
http://www.htcmania.com/mediawiki/in...ROM_desde_cero