pues por lo que cuentas, o bien son contactos vinculados a cuenta/s que previamente has añadido al movil, o a contactos que tenias en la tarjeta sd, otra cosa no se me ocurre... a no ser que los tengas en modo oculto en la guía...
a mi tb me ha pasado alguna vez, y siempre es por problemas con cuentas de correo o alguna red social que tengo asociada al movil, y siempre lo solucioné indagando por los ajustes de la guia (cuando digo guia me refiero al app "contactos", no a los contactos que aparecen en el app "teléfono", ya que pueden no coincidir)