Me autorespondo con algo confirmado al 100%.
Depende de si 'globos en los iconos' de las notificaciones está activado (el numerito rojo con los mensajes pendientes en el icono de whatsapp)
1) Si está activado, al hacer quick reply borra todas las notificaciones.
2) Si está desactivado, al hacer quick reply solo borra la notificación respondida y deja en la lockscreen el resto.
Supongo que está relacionado con qué al no tener globos en el icono, dejas de tener una forma de saber si hay pendientes y por eso no las borra.
Pues eso ciao