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SuperCocoV6.5
Las fuentes son 3 archivos que se encuentran en la carpeta "fonts"; Clockopia.ttf , DroidSans-Bold.ttf y DroidSans.ttf. Googleando puedes encontrar fuentes en varios sitios, tienes que buscarlas en formato .ttf, las pones en el zip en /system/fonts y ya te las cambia siempre que flashees el zip.
Se puede cambiar el bootanimation y lo que quieras, yo no se los suelo meter porque cada rom los tiene en un sitio diferente dependiendo del cocinero, pero se puede; supongo que la resolucion sera la de la pantalla; tienes que buscar el lugar de la rom donde este el original y mandar el tuyo a ese sitio, modificando el script de tu tema que esta en /META-INF/com/google/android/updater-script.
Con respecto a el archivo framework.jar y android.policy.jar son librerias que en principio no tienen demasiada importancia en lo que se necesita para modificar los temas.
Para cambiar el color de lo que sea tienes que editar los xml correspondientes de las carpetas "color" de cada uno de los .apk, en ese caso de mms.apk....un rollo.....