Yo corro entre 3 y 5 veces por semana y he utilizado MyTracks,
Lo buen de este programa es que permite exportar todos los resultados (y lo que es mejor) el mapa a Google, por lo que luego puedes analizar con calma el tiempo, y con GMaps, ver por donde has ido.
Ahora, el inconveniente (que creo que se puede depurar en las opciones) es cuando tras correr, te pones a andar; el GPS empieza a obtener posiciones invalidas, y el mapa que supuestamente has recorrido empieza a dar picos erroneos; ahora bien, si no haces pausa alguna, para mí es la mejor.