No hay modo de configurar. Creo que usa la configuración del sistema. Pero a mí me funcionó a la primera, eso sí, con el alatavoz del sistema, y no con el del teléfono, con lo cual se genera eco y se oye mal. La única respuesta que dan los de skype es utilizar auriculares.
Sí puedes comprobar la configuración de audio. Si vas a contactos verás que al principio de la lista aparece "Echo/Sound Test device ". Llama a este contacto y te saldrá una voz diciendo que grabes un mensaje y luego te lo reproduce. Así compruebas el micro. Pero nada más.
Mira también estos hilos:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=26572
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=32775
Boing recomienda instalar fring o nimbuzz que son programas que integran skype y otros protocolos de chat y conversación y que premiten mejor configuración de audio (por ejemplo, poner como altavoz el del teléfono, para poder llamar por skype usando el teléfono normal, sin auriculares), pero yo no los he usado.