¿Cuando dices dentro de system/media te refieres a que lo creas en la memoria interna del teléfono o que en la SD creas una carpeta que se llame system y dentro de ésta creas la de media?
Para hacer lo que tú quieres solamente es necesario crear la carpeta media/audio/notifications en la SD. También si creas media/audio/ringtones y media/audio/alarms podrás personalizar los tonos de llamada y de las alarmas.
