En Flyme 5 no hay opción de desactivar los privilegios del sistema. Cuando vas a permisos Root lo que te sale es la lista de apps, ya no te aparece la opción de abrir los permisos.
Imagino que estarás en flyme 4, no va a pasar nada si la desmarcas, prueba a ver.
Sí eso no funciona, pues reinstala el firmware sin borrar datos, te encontrarás de nuevo la opción de abrir privilegios del sistema.