Es cifra el almacenamiento interno porque tenías una ROM sin el parche debido del kernel (boot). Para evitar esta situación es necesario instalar el zip supersu, ya que activa el auto-parcheo del boot.
Todo lo que se haga con el recovery, para evitar inconvenientes, necesitará hacerse bajo el boot parcheado.
Saludos.
El recovery no es incompatible, es que tu kernel actual ha cifrado tu almacenamiento interno como medida de seguridad. Esto se evita teniendo el boot parcheado, y se parchea instalando el zip supersu.
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