Yo flashtool no lo he tocado ya q con NRT hace lo mismo y mas.
Para desencriptar, hay q formatear la particion Data (lo q viene siendo un hard reset), ahora bien:
-Recomiendo hacerlo pdesde el bootloader hasta q estemos seguros de q el TWRP lo hace correctamente en N... CREO q la ultima version ya no da problemas.
*De hecho el TWRP solo se quedaba instalado en un terminal desencriptado (por eso insistí tanto en q siguieras mi pasos al pie de la letra).
-Antes de iniciar al sistema despues de format data, reiniciamos a TWRP, rooteamos e instalamos un kernel q no fuerce el encriptado, como por ejemplo Elemental (ojo, versiones N o MM segun q rom hayamos metido).
Y ya está.
*En el momento en q reiniciemos a sistema, sin haber cambiado el kernel, va a encriptar.
-Una vez desencriptado, cada vez q sacan un parche de seguridad, metes la rom entera desde bootloader, TWRP, root y kernel, dalvik cache etc y entonces has actualizado sin perder datos...
Tambien podemos meter una rom q venga desencriptada directamente, pero yo no lo he probado, y estoy seguro de q con N habria q desencriptar primero la stock para estar seguros, osea format data, TWRP y ya la rom nueva.
Estoy convencido de q algo se nos ha escapado con tus instalaciones y se ha liado con el encriptado, pq si no no lo entiendo.