Pues efectivamente, después de unos días de testeo con el sensor de huella desactivado he confirmado que ese era el problema. He probado a activar Wifi, Bluetooth, Gesture Unlock, etc y sigue entrando en deep sleep perfectamente siempre que el sensor de huella esté desactivado.
He pasado de las 40 horas encendido y 5 o 6 de pantalla a 75 horas encendido y algo más de 8 de pantalla con un uso bastante normal.
Ahora sí que es el móvil que me esperaba