En principio puedes pasar todos los datos otra vez despues de particionar, al restaurar las aplis como por ejemplo whats app seguramente te haga falta tener la carpeta antigua para que aparezcan las conversaciones.
Si bien es cierto que a veces es recomendable borrar toda la SD si vemos que una vez flaseada la rom no va del todo bien.
Yo lo que hago es dejar las carpetas de música, datos, whatsapp y otras aplicaciones que me interesen y el resto lo borro todo antes de flashear.