Te recomiendo el aomei backup. Es gratuito. Se registra compartiendo un enlace por Facebook o tweeter y da la opción de hacer imagen en caliente, y crear usb arrancable y redimensionar particiones al escribir la imagen al disco nuevo.
Y lo de clonar a un usb y tratar de arrancarlo no te va a funcionar porque el gestor de arranque tendrías que modificarlo al haber cambiado las rutas de las particiones (al ser usb, esto incluso hay que hacerlo a veces al cambiar de puerto esta en placa...)