Vamos por parte.-
No tengo tu móvil pero en Android es todo más o menos lo mismo, como en cualquier SO.-
La app Folder Mount salió porque al aparecer Android 4.4 , éste ya no dejaba mover archivos más que dentro del SO y no hacia la SD o vincular archivos con la SD.-
Ya luego en KK comenzó a dejar archivos y lo mismo en Lollipop, tanto con el explorador de archivos nativo como con el explorador que tuviéramos instalado y más si teníamos Root en el móvil.-
Por otro lado no tienes nada que tocar de las particiones o carpetas : sdcard0, legacy, y 0 ; ya que estos son solo distintos accesos a la misma partición , o sea a la memoria principal del móvil.
Entonces , por supuesto que el contenido es real , ya que en todos los casos es el mismo, no son tres contenidos distintos , y solo ocupan un espacio real que no es la suma de las tres carpetas sino uno solo.-
Por otro lado nunca encontrarás el espacio que te falta de memoria sumando las carpetas internas ya que como en cualquier SO hay espacio que no se muestra de la mem principal y que puede estar ocupado o libre y también tienes que tener en cuenta que si el móvil te dice que tiene 16 Gb de memoria en realidad lo que tiene son solo 14,9 Gb, esto lo puedes comprobar con cualquier dispositivo o más fácil con un SD que declara 16 Gb y tiene los 14,9 reales. En realidad lo que trae de memoria cualquier dispositivo está definido en bytes , por ej. 16 000 000 000 bytes a lo que se le asigna el valor genérico de 16 Gb, pero divide esta cifra tres veces por 1024 y obtienes los GB reales.-
Y por último , si tienes una ROM no creo que necesites tirar de Folder Mount para mover archivos, solo en el caso de tener que vincularlos, también para esto tienes otras apps .-
También decirte que todos los móviles tienen unos 11 Gb libres para el usuario que están disponibles en la sdcard del mismo de los que ya en KK solo te dejaba libres para usar poco más de 8 Gb solamente, sea con Firmwares oficiales o con ROM's personalizadas.-