Vale, ya está solucionado... no sé porque, porque no entiendo nada, pero está solucionado.
Os explico cómo...
1. He desinstalado el BLN Control Pro.
2. He reiniciado en Modo Recovery y he desactivado la opción de BLN.
3. He vuelto a instalar BLN Control Pro.
Y listo! Ahora funciona para sms's y para llamadas perdidas (teniendo la opción desactivada en el recovery de CWM).
Así que, como os he dicho antes no entiendo nada, pero ahora va.
Como curiosidad si alguien supiera explicar el porqué estaría bien...
Gracias!