Bueeeeeno, por fin he detectado el problema. Para empezar, cuando hacemos Hard Reset y flasheamos una nueva versión, en este caso la 4.1.0, el bootloader se bloquea. Por lo que, una vez flasheada la versión 4.1.0, la tenemos que restaurar de fábrica y luego desbloquear el bootloader. Ambos procesos borran la memoria del teléfono.
Finalmente, ya podremos instalar el TWRP, recordando haber presionado el VOL+. Cuando entremos por primera vez al TWRP recovery menu, lo que hay que hacer es entrar en el menú Mount y desactivar, en caso de que esté activada, la opción que pone "sólo lectura".
Tras eso, reiniciamos el sistema y ya se nos quedará grabada para siempre el recovery de TWRP. Lo que aún no logro averiguar es cómo hacer que me salte el mensaje de rooteo.
Me respondo, lo que he hecho ha sido instalar el zip del SuperSU, y listo. Ya tengo la versión 4.1.0 con MM 6.0.1, rooteado, Xposed y GravityBox MM. Genial!