¿Qué ROM estás usando? ¿Te pone errores el recovery de "Couldn't mount /system" o similares? Es sabido que la OTA 2.2.0 de BQ da errores en cuanto se intenta un flasheo. Esto no pasa en la 2.1.0.
La línea de "extract 'system' to 'system' es la desempaqueta el sistema del zip y lo copia al dispositivo. Si se borra esa linea, no extraerá el sistema y entonces ese espacio en /system queda vacío, por eso no arranca.
Saludos!