Nueva información: una vez instalado la versión boot3.4.311 he probado a instalar una nightly en formato update.zip y todo ha ido como la seda, ahora me marca en versión del sistema que tengo la nightly y además me ha respetado todas las apps y personalizacion que tenía.
A falta de más tiempo invertido esta podría ser una solución para los que tuviesen una versión froyo superior, al menos temporal. Seguir el tutorial instalando la versión BOOT específica y luego aplicar un update con la nightly elegida (supongo que si en lugar de apply update se escoge apply zip from sdcard también funciona).
Un saludo!