A ver vamos aclarar como esta todo este rollo
El TWRP Cofface (Sea o no Alka) modifica el boot.img automáticamente para roms MIUI, tengo entendido de que es necesario para las actualizaciones de estas roms al igual que para el SuperSU, si el boot.img no se parchea... se queda en bootloop (No lo he probado)
Se dice que es peligroso usar ese TWRP por lo mismo de que automáticamente modifica el boot.img y por eso recomiendan usar el original.
Yo les recomiendo el que esta en este enlace (Es de "Sudeep Duhoon", lo pueden encontrar en XDA en su post de como desbloquear el bootloader del RN3):
https://www.mediafire.com/?c13tzk1unabz9
Es el TWRP original sólo que con el agregado de que puedes hacer backups de todas las particiones, para flashear una rom MIUI con este recovery es de la siguiente manera: ROM MIUI + SuperSU + boot.img_patcher.zip + Lo que ustedes quieran.
Un saludo, estaré pendiente por si las dudas o si yo también estoy mal informado.