La diferencia son 100Mhz de procesador entre uno y otro (1.4/1.1 el S vs 1.5/1.2Ghz), inapreciable, pero el S monta una gpu algo más potente para juegos. El S ya viene con Android 6.0.1 mientras que el 3 y 3 Pro siguen en Lollipop. Ambos tiene rom global, etc.
Al mismo precio compraría el S, pero vamos, son prácticamente lo mismo. El 3S y 3X son lo mismo pero con un ligero cambio estético.