Buenas, yo tambien me volví un poco loco con este tema y en mi caso la causante era la aplicacion power line, que superpone una linea con el consumo de bateria en la parte superior de la pantalla (entre otras cosas).
Según saque en claro cuando lo estuve investigando, cualquier aplicación que se superponga sobre el resto, del tipo barra, icono de menu flotante, boton transparente y todo este tipo de cosas, pueden causar el problema.
A las malas, si no dais con cual es, se pueden hacer lo siguiente:
1 - Quitar permisos de superposicion a todas las aplicaciones que dispongan de dicho permiso:
Ir a Ajustes, Administrador de aplicaciones, pinchar en menu, "Aplicaciones que se pueden mostrar arriba" y en el desplegable de abajo elegir "Aplicaciones con permiso". Ahi desactivas todas.
2 - Dar los permisos que necesiteis a las aplicaciones que necesiteis.
3 - Volver a activar los permisos de superposicion como en el punto 1.
De todas formas revisando las aplicaciones del punto 1 que tienen permisos de superposición os puede dar una pista de cual puede ser la problematica.