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fantasma64, estos casos ya se comentaron en su día en el Foro...
En efecto, el parpadeo de la pantalla es por cohexistir kernel y sistema de kitkat y lollipop.
La única manera de hacerlo desaparecer es tener todo en la misma versión (o kitkat o lollipop). Como NO es posible hacer downgrade del bootloader, el resto deberás tenerlo en la misma versión a la que pertenece el bootloader que tengas.
Tu bootloader es de la versión android KitKat, PERO la Custom Rom que le has puesto es de MM, luego es normal que te dé ese error. Lo que vas a tener que hacer, si quieres seguir usando esa Custom ROM, es subir el bootloader. PERO si haces esto, mi consejo es que ya no vuelvas a tratar de ponerle ROMs de KitKat.
Si sigues con la intención de usar esa ROM, yo lo que haría sería flashear por fastboot (con mfastboot.exe) la STOCK ROM última de Motorola. Esto te actualizaría todo tu smartphone a LP. Y luego ya empleando la última versión del Custom Recovery TWRP podrás flashearte la 'Custom ROM' de LP ó MM que quieras si que te dé ese problema.
Sobre cómo flashearte por fastboot una STOCK ROM de Morotola... este foro está plagado de post indicándolo desde hace años. También puedes echar un ojo a este artículo para que te sirva de referencia:
Instalar STOCK ROM 5.1 en Moto G