La partición Datos solo contiene las aplicaciones de usuario, sus respectivos datos/configuraciones y los ajustes que se hayan modificado en MIUI. Cuando haces un borrado de esta partición, el teléfono se queda como cuando instalas la ROM por primera vez, es decir, sin aplicaciones de usuario y con los ajustes iniciales. En ningún caso afecta ni borra nada de lo que tengas en la memoria de almacenamiento (fotos, videos, zip ROM, etc.).
