Yo estoy en las mismas.
Hace unas semanas, hice unas cuantas pruebas. Cambiando entre Roms de la misma version (JVK Original a la de Criskelo) no me daba problemas, lo de las app y configuracion no me acuerdo si las recuperaba, pero creo recordar que si. El problema me lo daba cuando intentaba cambiar de de Froyo a Gingerbread, o de estas a Cyanogen y viceversa, que se me quedaba en el inicio donde pone Samsung I9000.
Eso si, no tomes esto por referencia ya que pude haber hecho cualquier cosa mal, cosa que no me extrañaria :S
Un saludo
EDIT:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=177676
Al parecer el nandroid backup guarda todo lo que hay en la memoria del telefono, a excepcion de la SD Interna y el kernel. Este ultimo es lo importante, pues si vas a pasar de una version de android a otra, tendras que flashear con el kernel adecuado para que arranque.
