Bueno, tras realizar numerosas pruebas y leer foros y derivador, he realizado de nuevo la carga desde otro ordenador con Windows 7 esta vez pero con una cosa que creo que va a ser importante y es con la última versión de java, actualmente en el primer equipo tengo la versión de Java 6.05 y en el otro equipo (al igual que en el que actualicé la primera vez) tengo la 6.25
Mi suposición se basa en que todo el programa funciona bien y no tiene sentido que cargue unos ficheros si y otros no y si entra, pues entra y sino pues daría error desde el principio, además de que la herramienta está basada en Java. Lo digo para que al menos si a otra persona le pasa, lo tenga en cuenta como requisito.