Hola,
vamos por partes, lo que quieres hacer es usar el GPS ejecutando dos programas a la vez, pero para poder hacer un programa y comunicarte con el TomTom necesitarás su SDK que es de pago.
Pero por otra parte dices correctamente que desde wm5 se gestiona automáticamente y eso es gracias al "Intermediate Driver" por lo que no se necesita puertos series ni nada parecido para poder utilizar el GPS y poder usarlo con deferentes aplicaciones a la vez.
Si estás programando en C# en .Net 2005 0 2008 supongo que tengas instaladas unas SDK's para wm5 y wm6 con muchos emuladores, pues si vas a su carpeta (donde está instalada) encontrarás una carpeta de Samples y entre ellos tienes un ejemplo completo de uso del GPS con el intermediate driver y ya podrás usar el gps con más de una aplicación en ejecución.
