Como todo en la vida, la respuesta es depende.
Si flasheas con Odin con Repartition, no hace falta, el sistema formatea el móvil (como ya ha dicho rastafary)
Si flasheas con Odin sin Repartition, si hace falta, ya que el sistema escribe la partición como si fuese un fichero y si está en un formato distinto después el Kernel no va a saberlo interpretar.
Si flasheas con CWM no hace falta siempre y cuando el script que utilizes no fuerze el montado a RFS, montando la partición desde el CWM y con un script que no haga "remount" (unmount seguido de un mount, no he visto nunca ninguno que lo haga pero podría haberlo). El motivo es porque los ficheros se escriben 1 a 1, y no la partición como un fichero, y al escribirse ya lo hacen en el formato apropiado.