yo tenia un problema similar con una aplicacion deportiva de seguimiento. Al de un rato me perdia la señal del gps y era por los permisos de la aplicacion
Hay que permitir que funcione en 2° plano, en la configuración de batería...
Algo así...
"Ajustes" -> "Batería" -> "Gestión del uso de la batería en aplicaciones" -> "Elegir Aplicaciones" -> "Runtastic o Endomondo o la que sea" -> "Ajustes en 2° Plano: Sin restricciones" y Localización en 2° Plano: Permitir"...