Señores arreglado el tema de las apps que no abren sus enlaces automáticamente. He borrado el caché de la pagina de Google en Chrome, dentro de la pagina de búsqueda de Google en Chrome se pulsan los tres puntitos de arriba a la derecha y seleccionamos el icono de info. al lado de la estrella de favoritos y después pulsamos ajustes del sitio y después en borrar y restablecer. Después he reinstalado la aplicación Google Apps tras desinstalarla y borrar sus archivos y caché. Era todo cosa de Google y no de flyme 5.
Y para rizar el rizo, si alguien quiere volver a tener root en la versión G mediante la cuenta flyme, solo hay que instalar la app USER CENTER de la versión A en la G y volvemos a tener la opción permisos de superusuario en seguridad dentro de ajustes. Dejo el link para bajarla:
http://forum.flymeos.com/thread-700-1-1.html