Correcto. Por fasboot te va a dar error, ya que las particiones son distintas ente MM y KK.
Sigue este hilo. Ahí está muy bien explicado. Es muy fácil hacerlo.
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=1136292
De todos modos, puedes obviar el hacer la instalación via fastboot y te evitas problemas.
Hazlo de manera limpia via TWRP y listo. Si te da algún problema, entonces sí usa fastboot, pero yo lo haría como segunda opción.
Si necesitas la rom fastboot de la 5.9.1, avísame que te la doy también.
Saludos.
